Fen Bilimleri Enstitüsü, 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Marmara Üniversitesi Rektörlüğü’ne bağlı olarak 10 Temmuz 1982 tarihinde kurulmuştur.

Enstitünün temel amaçları; Yüksek Lisans ve Doktora eğitimi vererek kamu ve özel sektör için uzmanlar yetiştirmek, eğitim, sanayi ve iş dünyasının ihtiyaç duyduğu alanlarda araştırmalara yönetmek suretiyle azami yarar sağlamaktır. Bilim ve teknolojiyi toplum ve insanlık yararına kullanabilecek, çevreye ve etik değerlere saygılı, yaşam boyu öğrenmeyi kendisine ilke edinmiş, alanında akademik olarak donanımlı ve uluslararası alanda rekabet edebilecek bireyler yetiştirmektir.

Enstitümüz Lisansüstü programlarına, Marmara Üniversitesi Lisansüstü Eğitim-Öğretim ve Sınav Yönetmeliği hükümlerince öğrenci kabul edilir. Bu bağlamda Yüksek Lisans ve Doktora programlarının adları ve her programa kabul edilecek öğrenci kontenjanı, ilan verilerek duyururlar. Bu ilanda giriş sınavına kabul edilebilmek için son başvuru ve sınav tarihleri belirtilir. Söz konusu ilan, her yarıyıl başında öğrenci almak üzere verilir. Doktora  programına başvuracak adayların lisans veya yüksek lisans derecesine sahip olmaları veya koşullu ön kabul için yüksek lisans öğrenimlerinin son yarıyılında öğrenci olmaları gerekir. Tezsiz yüksek lisans programlarından mezun olanlar doktora programlarına başvuramaz.

Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde Aktif olan 28 Anabilim dalı ve  kapanan ama aftan faydalanarak kayıtlanan öğrencileri olan 8 Anabilim Dalında Tezli Yüksek Lisans, Tezsiz Yüksek Lisans ve Doktora programları olmak üzere toplam 71 program bulunmaktadır. Enstitümüzde Anabilim Dallarında Yüksek Lisans ve Doktora Programlarında Türkçe ve İngilizce eğitim verilmektedir. Yüksek Lisans Programlarını tamamlama süresi 4 yarıyıl, azami süresi 6 yarıyıldır. Doktora Programlarını tamamlama süresi ise 8 yarıyıl, azami süresi 12 yarıyıldır.

Enstitü bünyesinde eğitim-öğretim faaliyetlerine devam eden Anabilim Dalları ve Programlarımızda 200'ün üzerinde öğretim üyesi bulunmaktadır.

Birçok projeye ve yayına imza atmış olan enstitümüz, hali hazırda çeşitli projeler sürdürmekte olup, alanındaki düzenli akademik yayın olan ve DOI (Digital Object Identifier) numarası veren Marmara Fen Bilimleri Dergisi'ni yayınlamaktadır.