Fen Bilimleri Enstitüsü 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Marmara Üniversitesi Rektörlüğü’ne bağlı olarak 10 Temmuz 1982 tarihinde kuruldu.

Marmara Üniversitesi’nin Mühendislik Fakültesi, Teknik Eğitim Fakültesi, Fen-Edebiyat Fakültesi ve Atatürk Eğitim Fakültesi’nin Fen Bilimleri ve Müzik Eğitimi ile ilgili Anabilim Dallarında Yüksek Lisans ve Doktora Düzeyinde Eğitim-Öğretim, bilimsel araştırma ve uygulama yapılması amaçlanan çalışmalarına Mart 1983 tarihinde başlandı.

Enstitü Müdürü Prof. Dr. Reşat OTMAN’ın yaş haddinden emekli olması sebebi ile 3 Ocak 1984 tarihinden itibaren Müdür Vekili olarak Doç. Dr. Erol YARIZ görev yaptı.

31 Aralık 1984 tarihinde Enstitü Müdürü olarak atanan Prof. Dr. Cemil ŞENVAR iki dönem bu görevi yürüttü ve emekli oldu.

Prof. Dr. Eralp ÖZİL 11 Temmuz 1990 tarihinde Enstitü Müdürü olarak atandı, iki dönem bu görevi yürüttükten sonra 30 Eylül 1996 tarihinde emekli oldu.

Prof. Dr. A. Alp SAYAR 1 Ekim 1996 tarihinde Enstitü Müdürü oldu ve dört yıl bu görevi sürdürdükten sonra yerine 31 Ekim 2000 tarihinde Prof. Dr. Adnan AYDIN Enstitü Müdürü olarak atandı.

1 Aralık 2006 tarihinde Prof. Dr. Adnan AYDIN’IN yerine Prof. Dr. Sevil ÜNAL atandı ve bu görevi üç yıl sürdürdü.

16.11. 2009 tarihinde Prof. Dr. Sevil ÜNAL ’IN  yerine  Prof. Dr. Meral ÜNAL atandı ve bu görevi üç yıl sürdürdü.

19.11.2012 tarihinde Prof. Dr. Meral ÜNAL ’IN yerine Prof. Dr. Abdülkerim KAR atandı.

29 Ağustos 2014 tarihinde  Prof. Dr. Uğur YAHŞİ atandı.

05 Ağustos 2017 tarihinde Enstitü Müdürü olarak atanan Prof. Dr. Bülent EKİCİ iki dönem bu görevi yürüttü.

20 Kasım 2024 tarihinde Prof. Dr. Bülent MERTOĞLU atandı ve görevini sürdürmektedir.